Перша письмова згадка про Ніжин датується 1078 роком. Вважається, що перша назва Ніжина була “Ніжатин“ (від давньословянського чоловічого імені “Ніжата“), а місцевість носила назву “Ніжатина Нива“. За іншою версією назва міста походить від Ніжин-озера, що розташоване у околицях сучасного Ніжина. Тобто біля озера було поселення “город у Нежин-озера“, яке згодом трансформувалося у “Неж-город“, а пізніше і у Ніжин.
Відомо, що в домонгольські часи Ніжин був укріпленим населеним пунктом. У 1239 році його зруйнував хан Менгу дорогою на Чернігів. Відродилося місто у XIV столітті вже у Великому князівстві Литовському. На початку XVI століття після литовсько-московської війни Ніжин у складі Чернігово-Сіверського князівства відійшов до Московії. А в 1618 році, згідно із Деулінською угодою, вся Сіверщина разом із Черніговом та Ніжином опинилася у складі Київського воєводства Речі Посполитої.
У 1648 році Ніжин став одним із найбільш значних осередків козац