Сюжет Crysis 2 развивается спустя несколько лет после событий первой части, конкретно в 2023 году. Играть нам предстоит за молчаливого морпеха, имеющего позывной Алькатрас. На подлодку, в которой находится Алькатрас и его группа, нападают пришельцы, и погибает весь отряд, кроме главного героя. Алькатраса спасает Пророк, хорошо известный игрокам по первой части Crysis. Пророк передает ему свой костюм, а сам погибает от ран и инопланетного вируса, поразившего весь Нью-Йорк. С этого момент Алькатрас под личиной Пророка начинает миссию по спасению человечества от инопланетного вторжения, периодически воюя с вооруженными частями синдиката и цефами, собственно инопланетянами.