Les écrivains anciens rapportent que le Colisée a vu se dérouler, dès les premiers jours, des naumachies, plus communément appelées navalia proelia (reconstitutions et mise-en-scène de combats navals avec de vrais morts).
Il est consigné dans les comptes des jeux inauguraux offerts en 80 par Titus que l’arène remplie d’eau a alors accueilli des courses de chevaux et de taureaux spécialement entraînés à nager. Il est également fait état de la reconstitution d’une très fameuse bataille navale entre les Grecs de Corfou et de Corinthe.
Cela a fait l’objet d’un débat entre les historiens, bien que l’approvisionnement en eau n’eût pas été un problème, de savoir comment on avait pu rendre l’arène suffisamment étanche et trouver assez d’espace pour y faire évoluer des navires de guerre. On peut penser que ces grands spectacles navals avaient lieu dans le volume vide occupé par la suite par l’hypogée, tel que nous le voyons encore aujourd’hui.