В 1999—2001 году усадьба находилась в аренде у российского предпринимателя В. А. Брынцалова, который взялся восстановить её. Однако ему не удалось получить права собственности на поместье, из-за чего работы по восстановлению предприниматель так и не начал. В 2001 году по суду договор аренды с Брынцаловым был расторгнут, а годом позже Никольское-Урюпино было передано в ведение Министерства культуры России. В 2004 году усадьба вновь оказались предметом разбирательств между государственными органами и частными инвесторами.
Все эти годы здания усадьбы фактически разрушались, в подвалах проживали бомжи. В декабре 2004 большой дом усадьбы сгорел, причем пожар продолжался два дня. Так как перекрытия были деревянными, здание изнутри полностью выгорело. «Белый домик» при пожаре не пострадал.
Осенью 2005 года было объявлено о начале долгожданной реставрации. Журналисты писали, что в возрождённой усадьбе будет организован элитный отель с ограниченным доступом. По состоянию на сентябрь 2019 года никаких работ не ве