Несмотря на упоминание Contra в названии, данная игра не является частью серии Сontra и не имеет никаких сюжетных связей с ней.
Действие игры начинается в вымышленном городе Нео-сити в 1992 году. Там находится центр оперативного противодействия организованной преступности, именуемый Contra Force, во главе которого находится человек по фамилии Бёрнс. Перед оперативниками поставлена задача остановить криминальный синдикат под названием .