Действия Arkham City проходят спустя 18 месяцев после событий Arkham Asylum. Бывший надзиратель лечебницы Аркхэм Квинси Шарп взял на себя ответственность за прекращение вооружённой слежки за Джокером, чтобы стать мэром Готэм-Сити. Объявив, что лечебница и тюрьма строгого режима «Блэкгейт» больше не подходят для наблюдения арестантов и душевнобольных, Шарп закрывает оба помещения и превращает печально известные городские трущобы в тюрьму под открытым небом «Аркхэм-Сити».