Primers with a 40-60% GC content ensure stable binding of primer/template. G-C bonds contribute more to the stability (increased melting temperatures) of primer/template binding than do A-T bonds. However, two primer/template complexes with identical GC content can have different melting temperatures because base order influences the overall stability.
It has been reported that GC-rich regions of the target DNA are difficult to amplify, so these regions are generally avoided when choosing a target DNA sequence. This is also true for stretches of polypurines or polypyrimidines, which should be avoided.
The presence of G or C bases at the 3′ end of primers (GC clamp) helps to promote correct binding at the 3′ end due to the stronger hydrogen bonding of G and C bases.
However, strings of G and of C can form internal, non-Watson-Crick base pairs that disrupt stable primer binding. Generally, sequences containing more than three repeats of G or of C in sequence should be avoided in the first five bases from the 3′ end of the primer, due to the higher probability of primer-dimer formation. A short run of G’s at or near the 5′ end of a primer will not disrupt stable binding because the 5′ positioning does not lead to involvement in disruptive secondary structures. It is best to select primers with a random base distribution.
#GeneticExamQuestionsSolutions #codons #Iherb #Genetics #primerdimer #DNA #GCrichRegions #GeneticsLecture #PCR #Cancer #23andMe #genes #Promoter #GeneStructure #gene #genome #primerBinding #GCContent #alleles #polypyrimidines #GeneticTesting #genotype #hydrogenBonding #nucleicAcid #enzyme #polypurines #primertemplate #Nucleotide #MolecularBiology #PaternityTest #DNAMolecule #genetic #Primers #GCClamp #locus #NikolaysGeneticsLessons #biology #primer #design #polymeraseChainReaction
1 view
222
61
1 month ago 00:54:16 1
KANYE WEST, ДИЗАЙН И НАСМОТРЕННОСТЬ
2 months ago 01:37:16 1
Острые вопросы Жаку Фреско на ток-шоу «На грани»
2 months ago 00:15:07 1
DIY French Country Angel Christmas Ornament using NEW IOD Moulds & Stamps | Handmade Decor
2 months ago 00:13:48 1
DIY French Country Christmas Ornament using NEW IOD Moulds & Stamps | Handmade Decor
2 months ago 00:07:52 9
Пример создания рельефа участка контурными линиями - Уроки Realtime Landscaping Architect
2 months ago 00:01:40 1
СКОЛЬКО ЗАРАБАТЫВАЮТ ДИЗАЙН ГРУППЫ ЗА ДИЗАЙН!ОТВЕТ ЗДЕСЯ
2 months ago 00:52:33 1
Как без ошибок подготовить дизайн к печати в типографии. Полное пошаговое руководство.
2 months ago 01:09:27 1
Наши выпускники: 10 вопросов педагогическому дизайнеру (Татьяна Орлова, выпуск 2018)
2 months ago 00:10:06 1
Как удалить обновление Windows 10 и запретить установку обновлений?
2 months ago 01:06:49 1
Нам не покинуть Землю | ALI
2 months ago 00:24:04 1
Секретные фишки в Power Point | Как делать дорогие презентации?
2 months ago 00:18:24 1
Дача глазами дизайнера. Особенности реконструкции и ремонта // Анна Эрман
2 months ago 00:12:58 1
МАСТЕР-КЛАСС: скала из бетона
2 months ago 01:41:24 1
♫ COLOMBIA, Tierra Querida ♫ Paraíso Biodiverso de Belleza y Color / INSTRUMENTAL 🇨🇴
2 months ago 00:21:16 1
Вся правда о шрифтовых парах | Александра Королькова | Prosmotr
2 months ago 00:05:35 1
Как нарисовать интерьер . Акварель
2 months ago 00:12:07 2
Как Дизайнеру увеличить стоимость своих заказов
2 months ago 00:00:50 2
“Дизайн виртуальных литературных маршрутов в городе“ | | 2024
2 months ago 00:13:10 1
Делаем приложение на Python и PyQt6 / Урок #1
2 months ago 00:08:57 1
КАК ПЛАНИРОВАТЬ СЪЁМКУ СЦЕНЫ/ Об этом не расскажут в киношколе
2 months ago 00:02:36 1
Клава Кока — Бумеранг (Премьера клипа, 2022)
2 months ago 00:54:24 1
Женщины автоиндустрии круче мужиков: глава GM, гонщицы, дизайнеры и многие другие
2 months ago 00:02:25 1
Наглядный пример как НЕ нужно ездить с плохой резиной в мокрую погоду на AUDI S7 на 600 Л.С
2 months ago 01:01:49 1
Организация Свадьбы Самостоятельно || Пошаговая Инструкция от Невесты-Дизайнера