События Rise of the Tomb Raider разворачиваются после окончания истории, отображённой в комиксах, в частности Tomb Raider: The Ten Thousand Immortals, в котором Лара пытается найти артефакт, способный исцелить Сэм, умирающую от токсичной передозировки неких веществ, выпущенный Brady Games. После путешествия на Яматай, Лара Крофт намерена найти город Китеж, также известный как «русская Атлантида». Она отправляется в заснеженную Сибирь с напарником по имени Иона Майавой, известным ещё по предыдущей части серии. Открыв в себе жажду приключений, Лара намерена обнаружить в мифическом городе секрет бесконечной жизни и вечной молодости.
Через год после событий Tomb Raider археолог Лара Крофт изо всех сил пытается объяснить свой опыт сверхъестественного на Яматае и страдает посттравматическим стрессом. В поисках ответов она обращается к исследованиям своего покойного отца лорда Крофта о затерянном городе Китеж и возможности бессмертия. Напарница лорда Крофта Ана предупреждает Лару, что одержимость её отца довела его до разорения и самоубийства. Лара организует экспедицию в Забытые города на северо-западе Сирии, надеясь обнаружить могилу ключевой фигуры легенды о Китеже — Константинопольского пророка. Гробница пуста, и Лару настигает древний орден рыцарей Тринити, превратившийся в военизированную организацию, занимающуюся расследованием сверхъестественного, и лидер оперативной группы Константин. Убегая, Лара обнаруживает выгравированный в гробнице символ, который она связывает с книгой по русской религиозной истории в кабинете её отца в поместье Крофт. Она узнает об артефакте под названием Божественный источник, который, как говорят, способен даровать бессмертие. После спора со своим другом Ионой Майавой о существовании артефакт человек Тринити проникает в поместье и крадет книгу, побуждая их отправиться в Сибирь.