В начале своей сюжетной ветки Джейк Мюллер, внебрачный сын главного антагониста предыдущей части игры Альберта Вескера, служит солдатом-наёмником. Очередным его нанимателем становятся повстанцы Эдонии, вымышленной восточно-европейской страны. Нео-Амбрелла передаёт повстанцам шприцы с К-вирусом, превращающим людей в опасных мутантов дж’аво, утверждая, что это боевые стимуляторы, и таким образом проводит полевое тестирование своего нового биологического оружия. Джейк, унаследовавший от отца антитела к подобного рода вирусам, остаётся человеком, но его антитела становятся нужны всем: Карле Радамес, Дереку Симонсу, . и просто человечеству для выживания. Сотрудница секретной службы США, Шерри Биркин (так же одна из выживших в ходе событий сентября 1998 года), помогает Джейку спасаться от брошенных на его поимку сил биотеррористов. В ходе своих приключений Шерри и Джейк сближаются, и изначально эгоистичный Мюллер начинает разделять альтруизм своей напарницы.