Phim Đại Dịch Cúm bắt đầu với một nhóm dân nhập cư bất hợp pháp đến Hàn Quốc trên chiếc container chở hàng, trong đó có một người nhiễm virus cúm gia cầm H5N1. Chiếc xe gặp nạn ở ngoại ô Bundang (Seoul), từ một người bệnh, virus nhanh chóng phát tán khắp khu vực qua đường hô hấp, khiến người bệnh chết trong đau đớn sau 36 giờ phơi nhiễm. Giữa bối cảnh dịch bệnh lây lan nhanh và loạt hệ lụy đi kèm, chính phủ lập tức cách ly toàn bộ cư dân Bundang. Cảnh người bị cách ly nổi loạn, tìm cách thoát khỏi trại tập trung dẫn đến hỗn loạn, giẫm đạp nhau không khác những thây ma. Bác sĩ Kim In Hae (Soo Ae đóng) phải chạy đua với thời gian để nghiên cứu vắcxin chữa bệnh cho con gái và người dân. Tiếp sức và hỗ trợ cô là nhân viên cứu hộ Kang Ji Goo (Jang Hyuk). Mượn đề tài thảm họa, đạo diễn Kim Sung Soo muốn phơi bày sự tàn ác của một bộ phận công quyền. Họ sẵn sàng “xóa sổ“ một vùng quê đang đau khổ vì đại dịch bằng cách chôn sống, hỏa thiêu những người bị cúm. Trong bối cảnh đó, Tổng thống Hàn Quốc (Cha In Pyo đóng) không bỏ mặc người dân, miệt mài tìm kiếm giải pháp giảm thiểu thương vong.